此時期距今約兩百餘載，蘭陽平原蠻煙瘴癘，荊棘漫生，洪汛浩蕩，瘟疫猖獗。清乾隆五十一年有閩省漳浦縣湖西坑先民廖地，奉迎古公三王神像一軀(即老三王)前來二結定居，奉為居家守護神。鄰近居民每遇吉凶苦難，輒驅往禱祝，咸認王公靈感庇佑有以致之，民眾便共議於原地蓋一茅屋為廟奉祀。
民國初年，本地因位居鐵路與輸運蔗糖台車線上，並扼蘭陽溪渡口之交通要津，致人口逐漸增加。復有日人設置糖廠，帶動地方迅速繁榮，此時信者日眾，神蹟益顯，北、中、南及東部聞風前來祈求庇佑者逐年增多。原有茅屋難容擁擠香客，乃改建土埆，更加瓦葺。
民國二十年代，王公驅邪鎮煞，治痾除病，信徒信之越篤。為報神恩，地方耆宿於是鳩首共議改建事宜，並推舉簡奇財、簡阿財、楊標、張阿富為籌建委員。於民國十八年興工，於民國二十一年工程告竣。廟宇堂皇堪稱美侖美奐的藝術殿堂，其內外形式悉依傳統古制構築，匯集當時噶瑪蘭第二代匠師，巧手神工之不朽巨作。
廟體經數十次颱風侵襲，屢有損壞修補，惟難復舊觀。故於民國五十八年加以全面修護。此中包括重作屋頂泥水、瓦作，淘汰剪黏部分，正殿內部重新彩繪。時正殿次間兩旁香客休憩的「過水門」及「護室」亦趁便增建，現有的金亭亦於此期完成。
民國七十五年初，由於地區居民日眾。社區民眾活動及休閒空間需求日殷，政府亦有意於廟區興建公共設施。經本廟管理委員會與社區民眾審慎研議，擬配合寺廟重建及多項公共設施興建，委由國際設計專家日本象集團作全盤性規劃。規劃項目計有初期的社區活動中心(含社區辦公衛生室、會議廳、長青學院、長青俱樂部、社區衛生室、幼稚園、餐廳)、文物館(舊廟復建)、蘭陽溪河濱公園、常原計畫並有市街景觀改造及圖書館的籌設等。整體規劃涵蓋建築造型、社區與廟區互溶一體景觀、休閒遊憩空間等開發理念。
目前所見的王公廟是改建於民國十八年，當時二結地區因鐵路通車、設置紙廠而產業興盛，帶動了地方上的繁榮，當時富甲一方的四大善人：張阿富、簡奇才、簡阿才與楊標聯合捐輸重建王公廟，其中，張阿富對建廟之建材尤有見地，特地由淡水、基隆引入五十支衍樑，並採用了堅韌度可達數百年之久的烏心石木，作為廟體建築三川、正殿通樑與棟架的用材，這種材質的沿用在漳州傳統廟宇建築風格中別出心裁。又其正殿樑脊選用了直徑一米的九芎木，而九芎木乃是清嘉慶十五年派任知府楊廷理在蘭地山區廣植的九芎樹，王公廟採用九芎木製成的中樑脊實富有歷史意義，而在建築取材上為王公廟奠下穩固且富地方特色的基礎。
